土木工程专业由我校1985年开办的农业建筑专门化发展而来，1988年正式开始招收本科生。2012年土木工程学科被评为校级重点培育学科，2019年获批土木水利专业学位硕士授权点。
本专业培养适应国家及区域经济社会发展与行业需求，以北大荒精神为引领，服务龙江全面振兴为使命，德智体美劳全面发展，掌握土木工程领域的基础理论和专业知识，具备独立获取知识和解决复杂工程问题的能力，具有较强的实践与创新能力，能够胜任土木工程领域的勘察、设计、施工、管理、投资和开发等工作的高素质应用型人才。
专业面向国家建设需求、服务地方经济，注重学生基础理论学习的同时，强化对学生实践能力的培养，不断优化人才培养过程和教育质量，培养高素质的土木工程创新性技术管理人才。坚持通识教育与专业教育相融合，重视综合素质发展，有意识地培养学生的创新能力、组织协调能力、团队协作精神和环境适应能力。土木工程专业人才培养突出“厚基础、宽口径、强能力、高素质”的特点，具有基础知识扎实、知识面宽、综合素质高、重实践、动手能力强的专业教育特色。发挥土木工程学科优势，结合国际发展动态，注重教学与科研的结合，积极鼓励学生参与各类竞赛、科研和工程项目，培养学生发现、分析、研究和解决工程问题的能力，拓宽学生的国际视野。
专业主要开设土木工程制图、土木工程材料、理论力学、材料力学、结构力学、混凝土结构设计原理、钢结构设计原理、土力学与基础工程、土木工程施工、桥梁工程、路基路面工程等课程。
学生毕业后可在政府机关建设职能部门、机关及工矿企事业单位的基建管理部门、建筑设计院、施工企业、工程质量监督站、工程建设监理部门、房地产公司、工程造价咨询机构等从事技术和管理工作；也可考取结构工程、防灾减灾工程及防护工程、道路与铁路工程、桥梁与隧道工程、岩土工程、工程力学等学科的研究生继续深造；或参加国家注册结构工程师、注册建筑师、注册建造师、注册监理工程师和注册造价师等职业资格考试。毕业生就业率持续保持在90%以上。
土木工程实验室下设水泥室、骨料室、结构室、力学室、土力学室、测量室、防水材料是等7个专业实验室，实验室面积1015平方米，仪器设备近300台套，设备总值近330万元。主要承担土木工程材料、土力学与基础工程、建筑结构试验、测量学、流体力学、材料力学、工程制图、建筑工程检测实技术等8门课程的实验教学任务。本专业坚持开放与合作办学，与大型设计、施工企业共建校外教学实践基地16个。
土木工程专业现有专任教师17人、实验员1人，其中教授2人，副教授7人，讲师8人，实验师1人。具有博士学位7人，硕士学位10人。具有双师型教师10人。拥有一支学缘结构优化、学历层次与年龄结构合理、富有创新意识、德才兼备的师资队伍，为实现人才培养目标提供了有力支撑。获批各级创新创业训练项目38项，获得第十三届全国大学生结构设计竞赛二等奖1项，省级大学生结构设计竞赛奖励22项。